Protein Preparation

Target Validation & Topology Optimization

Google Colab WorkerT4 GPU 무료

버튼을 클릭하면 Protein Preparation 노트북이 브라우저에 열립니다.
데이터를 업로드하고 셀을 순서대로 실행하면 무료로 GPU 연산을 수행할 수 있습니다.

①런타임 → GPU(T4)/CPU
②입력 데이터 업로드
③모두 실행 → 결과 확인
Google Colab에서 열기

Protein Preparation이란?

단백질 준비(Protein Prep)는 PDB에서 다운로드 받은 수용체 구조의 오류를 수정합니다. 결측된 원자(Missing Atoms)나 잔기를 복구하고, pH 7.4 환경에 맞는 정확한 수소화(Protonation) 상태를 계산하여 도킹이 올바르게 이루어지도록 준비합니다.

Protonation
생체 내 pH 7.4 수준에서 아미노산의 수소 결합 상태를 최적화합니다.
Missing Loops
단백질 구조 내에서 끊어진 루프나 누락된 원자를 예측해 채워 넣습니다.
Water & Ligand
도킹에 방해되는 기존 결합 리간드 및 물 분자(H2O)를 제거/보존합니다.