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Optimization Worker

로컬 엔진 또는 Colab T4로 GNINA 최적화 실행

Local Engine 또는 Google Colab T4에서 GNINA --minimize 기반 리간드 최적화를 실행하고, affinity와 CNN score 기반 후보를 같은 결과 화면에서 비교합니다.

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Colab 노트북 사본 생성하기

GNINA Optimization을 Google Colab의 무료 GPU에서 실행할 수 있는 노트북 링크입니다.
아래 버튼을 눌러 공유된 노트북을 열고, '파일' > 'Drive에 사본 저장'을 클릭하여 본인의 드라이브로 가져가세요.

Google Colab 접속 (GNINA Optimization)

클릭하여 원본 노트북 열기

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Colab 실행 가이드

01

사본 만들기

위 링크에 접속한 후, 상단 메뉴에서 [파일] -> [Drive에 사본 저장]을 클릭합니다.

02

GPU 런타임 설정

사본 노트북에서 [런타임] -> [런타임 유형 변경] -> T4 GPU를 선택합니다.

03

환경 설치 (셀 1)

GNINA Singularity 이미지를 자동 다운로드합니다. 최초 실행 시 약 5분 소요됩니다.

04

파일 업로드 (셀 2~3)

Receptor PDB와 SDF 파일들을 업로드합니다. 이전 단계의 리간드들을 입력하세요.

05

파라미터 설정 후 실행

Autobox add(4Å), CNN 모델(dense) 파라미터 확인 후 전체 셀을 실행합니다.

06

결과 다운로드

gnina_optimization_results.zip을 다운로드하세요. CSV와 최적화된 SDF가 포함됩니다.

📊 Affinity Score 수치 해석

< -8 kcal/molStrong Binder

강력한 결합. MD 시뮬레이션 최우선 대상. 실험 검증 강력 추천.

-8 ~ -6 kcal/molModerate Binder

적절한 결합력. 구조 최적화, ADMET 프로파일 추가 검토 필요.

> -6 kcal/molWeak Binder

결합력이 약함. 추가 de novo 설계 또는 스캐폴드 교체 고려.