Google Colab MD
클라우드 환경에서 제공되는 통합 MD 시뮬레이션 노트북입니다.
OpenMM 엔진과 각종 분석 도구가 사전 설치되어 있으며,
강력한 GPU 자원을 활용하여 복잡한 시스템의 시뮬레이션과 시각화 분석을 즉시 수행할 수 있습니다.
Google ColabOpenMMCloud GPU
Cloud-based Molecular Dynamics Framework
Free T4/L4 GPU Acceleration
MD Analysis Guide
RMSD Stability
Protein Backbone의 구조적 안정을 확인하는 척도입니다. 대략 2~3A 이내의 편차가 유지되어야 합니다.
H-Bonds Count
리간드와 단백질 사이의 수소 결합 개수 추이를 보여줍니다. 결합력을 시각적으로 보여줍니다.
Ligand RMSD
Pocket 내부에서 리간드가 얼마나 움직였는지 보여줍니다.
Distance (COM)
단백질 중심과 리간드간의 질량 중심 거리를 추적합니다.