MD Simulation

GPU-Accelerated OpenMM Engine

Run on Google Colab

GPU 리소스가 필요한 MD 시뮬레이션을 위한 원클릭 워크플로우. 분석 결과 요약까지 자동화된 코랩 파이프라인을 사용하세요.

Launch Colab Engine
OpenMMAnalysisVisualization

'File' → 'Save a copy in Drive'
NVIDIA T4/L4 GPU Recommended

MD Analysis Guide

RMSD Stability

Protein Backbone의 구조적 안정을 확인하는 척도입니다. 대략 2~3A 이내의 편차가 유지되어야 합니다.

H-Bonds Count

리간드와 단백질 사이의 수소 결합 개수 추이를 보여줍니다. 결합력을 시각적으로 보여줍니다.

Ligand RMSD

Pocket 내부에서 리간드가 얼마나 움직였는지 보여줍니다.

Distance (COM)

단백질 중심과 리간드간의 질량 중심 거리를 추적합니다.