MD SIMULATION
분자 동역학으로 결합 안정성 분석
단백질-리간드 복합체의 시간에 따른 구조 안정성, RMSD/RMSF, 수소 결합 변화를 확인해 후보 물질이 MD 단계에서 유지되는지 검토합니다.
Simulation parameters
1ns quick100ns deep
Local GPU 사용을 권장합니다.여러 ligand를 넣으면 시뮬레이션 시간이 크게 늘어날 수 있으니, Pose QC와 GNINA 결과로 후보를 줄인 뒤 실행하는 흐름이 좋습니다.
Optional pre-MD QC
GNINA Pose QC before MD
DiffDock 또는 GNINA Screening 후보 SDF를 MD에 넣기 전에 GNINA minimize로 포즈를 검산합니다. 이 단계는 MD 스크립트를 바꾸지 않고 clash 확인, 보조 rescoring, 입력 후보 선별에만 사용합니다.
MD 스크립트 변경 없음독립 QC job 실행Top 10 참고표 제공